五军都督府和兵部都听命于皇帝，五军都督府调有统兵权而无调兵权，兵部拥有调兵权而无统兵权。五军都督府和兵部相互节制互不统属。每逢战事发生﹐由皇帝命将为帅﹐调领五军都督府所辖卫所之兵佩印出征。军还即归印于朝﹐兵回卫所。
值得一提的是，自从“土木堡之变”发生后，大批五军都督府的都督在战场阵亡。时任兵部尚书的于谦为了便宜行事，将原先由五军都督府对军队的管理权和指挥权都划归兵部。而此后则不肯归还，自此，五军都督府的权力被极大削弱。
此时五军都督府还有参政议政，规划作战的权利。但是随着文官的权利越来越大，五军都督府连仅有的权利都失去了，由“总内外诸军事”的中枢机构变成处处受制于兵部的单纯执行命令的机构，从此大明变得和大宋一样，打仗由完全不懂军事的文官说了算了！
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